Der in Sidney geborene Jonathan Rubin begann seine musikalische Kariere als Gitarrist, bevor er sich der Laute zuwandte. Dank eines Stipendiums des australischen Staats konnte sich Rubin dem Studium der alten Musik an der Schola Cantorum Basiliensis widmen. Dort erwarb er im Jahr 1977 sein Diplom. Seither hat er sich auf dem Basso continuo-Spiel auf der Laute und Theorbe spezialisiert. Als international tätiger Musiker wirkte Rubin an unzähligen Produktionen mit Persönlichkeiten wie Nikolaus Harnoncourt, Michel Corboz, Jean-Claude Malgoire und anderen mit. Im Jahr 1986 begann die Zusammenarbeit mit “Les Arts Florissants” unter William Christie. Rubin war an vielen Aufnahmen von Barockopern dieses renommierten Klangkörpers beteiligt. Seit 1980 lehrt Jonathan Rubin Laute am Konservatorium (Musikhochschule) in Genf. Er gab u.a. Meisterklassen in Israel, Deutschland, Hong Kong und Australien. Rubin hat mehrere Publikationen für Laute herausgegeben. Neben der Mitwirkung als Continuo-Spieler an über 60 Aufnahmen von Labels wie Harmonia Mundi, Phillips, Teldec, Erato und anderen hat er auch ein Soloalbum mit Musik für Laute und Viola da Gamba
(Gallo CD.540) eingespielt.